Badania wykazały, że metale ciężkie znajdujące się w zanieczyszczonej wodzie, w tym arsen, aluminium, kadm, ołów, rubid, krzem, stront i cyna, mogą uszkodzić niektóre rodzaje wodorostów, chociaż rodzaj i poziom zanieczyszczenia znacznie się różni w zależności od naturalnego środowiska rośliny.
Obszary, na których rośnie hijiki – cienkie wodorosty, które po ugotowaniu stają się czarne i są często używane w japońskich i koreańskich przekąskach – są często skażone arsenem. W USA, Australii, a także w niektórych krajach Europy i Azji organizacje ochrony zdrowia wydały ostrzeżenia przed tym rodzajem alg, ale hijiki nadal można znaleźć w wielu lokalach gastronomicznych.
Glony zawierają składniki odżywcze, które mogą stanowić zagrożenie dla zdrowia niektórych grup ludzi. Ponieważ wodorosty absorbują jod z wody morskiej, nie powinny ich spożywać osoby cierpiące na choroby tarczycy, gdyż mogą zaburzyć zdolność gruczołu do produkcji hormonów.